Uncategorized

Γενετική ποικιλότητα στις αυτόχθονες φυλές προβάτων

Για να εκτιμηθεί η γενετική ποικιλότητα χρησιμοποιήθηκε το OvineSNP50 BeadChip της εταιρείας  Illumina. Συνολικά ανιχνεύθηκαν 45,662 δείκτες SNPs (Single Nucleotide Polymorphisms: Μονονουκλεοτιδικοί πολυμορφισμοί). Με βάση τους απλότυπους τεσσάρων δεικτών SNPs δημιουργήθηκαν 4,331 πολυ-αλληλομορφικα blocks. 

Oι εκτιμητές της Γενετικής ποικιλότητας στις φυλές Σφακίων, Ανωγείων, Αστερουσίων, Σητείας καθώς και σε συγγενείς πληθυσμούς από την Κάρπαθο και την Κάσο ήταν οι εξής: o συνολικός αριθμός αλληλομόρφων (nA), ο αριθμός μοναδικών άλληλομόρφων (npA), η παρατηρηθείσα (Ηο)  & η αναμενόμενη ετεροζυγωτία Ηe και ο αλληλομορφικός πλούτος (ΑR, allelic richness).

Συνολικός αριθμός αλληλομόρφων ανά φυλή

αριθμός μοναδικών αλληλομόρφων (δείκτης γενετικής ποικιλότητας

Παρατηρηθείσα Ηο και αναμενόμενη εκτίμηση ετεροζυγωτίας Ηe
Τιμές αλληλομορφικού πλούτου AR (αμερόληπτη εκτίμηση γενετικής ποικιλότητας)
μέση εκτίμηση ομομειξίας F με βάση τις ροές ομοζυγωτίας (Runs of Homozygosity)Μέση εκτίμηση ομομειξίας F_ROH (από περιοχές ροών ομοζυγωτίας) ανά φυλή